Line 5: Computational biology and molecular simulation.
Researchers working on Line 5 study intercellular communication processes, ion channel activation, neural dynamics, and neural networks through a combination of modeling and experimentation. Among other achievements, this has allowed them to determine the structure-function relationships for potassium channels and for other channels such as the pain and temperature sensors TRPV1, TRPM8 and TRPV4. Simulations of neuronal excitability allowed us to mathematically interpret the contribution of the TRPM8 channel to the sensation of cold. Using large-scale molecular simulations, the researchers have contributed to the understanding of how pore dimensions in the cell membrane determine ion transport in potassium channels. Large-scale brain dynamics simulations, using real data from the human connectome, have advanced the understanding of the effect of neuromodulators in the brain. Techniques used by these researchers include advanced mathematical and computational simulation methods..
Researchers.
Danilo González / fono: (56) 2 2770 3606 / fernando.gonzalez@unab.cl
Patricio Orio / fono:(56) 32 2995538 / patricio.orio@uv.cl
Wael El-Deredy / fono: (56) 2508040 / wael.el-deredy@uv.cl
Associate Researchers.
Yorley Duarte / CBIB-UNAB / yorley.duarte@unab.cl
Postdoctoral Researchers.
Felipe Torres / felipe.torrese@sansano.usm.cl
Grace Whitaker / grace.whitaker@uv.cl
PhD Students.
Andre Gómez / andre.gomez@uv.cl
David Araya / daraya78@gmail.com
Diego Becerra / diego.becerraq@postgrado.uv.cl
Fernando Lehue / fernando.lehue@postgrado.uv.cl
Gabriela Vargas / givargas@uc.cl
Hernán Hernández / hernandezlarzabal@gmail.com
Javier Palma / javier.palma@cinv.cl
Liset González / llisetgr90@gmail.com
Melissa Alegria / fono: (56) 2 27703405 / ibi.malegria@gmail.com
Pamela Illescas / pamela.illescas@postgrado.uv.cl
Romina Sepúlveda / fono: (56) 2 27703405 / rosepulveda87@gmail.com
Sebastián Espinoza / seabstian.espinoza@uv.cl
Sebastián Orellana / sebastian.orellana@postgrado.uv.cl
Yunier Prieur / yunier.prieur@postgrado.uv.cl
- Manzanares D, Araya-Durán I, Gallego-Yerga L, Játiva P, Márquez-Miranda V, Canan J, Jiménez Blanco JL, Mellet CO, Gonzalez-Nilo FD, García Fernández JM, Ceña V. (2017) Molecular determinants for cyclo-oligosaccharide-based nanoparticle-mediated effective siRNA transfection. Nanomedicine (Lond). 2017 Jul;12(13):1607-1621. doi: 10.2217/nnm-2017-0123.
- Márquez-Miranda V, Araya-Durán I, Gonzalez-Nilo FD. (2017). Multiescale molecular simulations applied to nucleic acid- dendrimer interactions studies. Curr Pharm Des. 2017 Mar 5. doi: 0.2174 /13816128236661 70306093224.
- Márquez-Miranda V, Abrigo J, Rivera JC, Araya-Durán I, Aravena J, Simon F, Pacheco N, Gonzalez-Nilo FD, Cabello-Verrugio C (2017). The complex of PAMAM-OH dendrimer with Angiotensin (1-7) prevented the disuse-induced skeletal muscle atrophy in mice. Int J Nanomedicine. 12:1985-1999. doi: 10.2147.
- Martin AJ, Contreras-Riquelme S, Dominguez C, Pérez-Acle T. (2017) LoTo: a graphlet based method for the comparison of local topology between gene regulatory networks. PeerJ. 5:e3052. doi: 10.7717/peerj.3052.
- Villanelo F, Escalona Y, Pareja-Barrueto C, Garate JA, Skerrett IM, Pérez-Acle T (2017) Accessing gap-junction channel structure-function relationships through molecular modeling and simulations. BMC Cell Biol. 17;18(Suppl 1):5. doi: 10.1186/s12860-016-0121-9. PDF
- Xu K., Maidana JP, Caviedes M, Quero D, Aguirre P and Orio P. (2017). Hyperpolarization-activated current induces period-doubling cascades and chaos in a cold thermoreceptor model. Front Comp Neurosci,11:12. doi: 10.3389/fncom.2017.00012.
- Escalona Y, Garate JA, Araya-Secchi R, Huynh T, Zhou R, Pérez-Acle T (2016). Exploring the membrane potential of simple dual-membrane systems as models for Gapjunction channels. Biophys. J. 110(12):2678-88.
- Castillo JP, Sánchez-Rodríguez JE, Hyde HC, Zaelzer CA, Aguayo D, Sepúlveda RV, Luk LY, Kent SB, Gonzalez-Nilo FD, Bezanilla F, Latorre R (2016) β1-subunit-induced structural rearrangements of the Ca2+- and voltageactivated K+ (BK) channel. Proc Natl Acad Sci U S A. 113(23):E3231-9
- Moldenhauer H, Díaz-Franulic I, González-Nilo FD, Naranjo D (2016). Effective pore size and radius of capture for K+ ions in K-channels. Sci Rep. 6:19893.
- Naranjo D, Moldenhauer H, Pincuntureo M and DíazFranulic I (2016). Pore size matters for potassium channel conductance. J Gen Physiol 148(4):277-91.
Ongoing projects.
INSTITUTO MILENIO – CINV
Año: 2016-2021
Concurso: Proyectos Institutos Milenio 2009 – ICM09-022-P
Financiamiento: Ministerio de Ciencia, Tecnología, Conocimiento e Innovación
Investigador Principal: Ramón Latorre
Otros Investigadores: Juan Carlos Sáez, Alan Neely, Ana María Cárdenas, John Ewer, Kathleen Whitlock, Adrián Palacios, Tomás Pérez-Acle, Fernando Danilo González-Nilo, Oliver Schmachtenberg, Agustín Martínez, Patricio Orio, Andrés Chávez, Pablo Moya, Andrea Calixto, Carlos González
Otras Universidades o Instituciones: Centro Interdisciplinario de Neurociencia de Valparaíso, Pontificia Universidad Católica, Universidad Andrés Bello, Fundación Ciencia y Vida
REVEALING THE RELATIONSHIP BETWEEN HIGH-ORDER INTERDEPENDENCIES AND CRITICAL-LIKE BEHAVIOR IN BIOPHYSICAL NEURAL NETWORKS
Año: abril 2021 – marzo 2025
Concurso: Fondecyt Regular 1211750
Financiamiento: Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID)
Investigador Principal: Patricio Orio
Otros Investigadores:
Otras Universidades o Instituciones:
DESARROLLO DE UNA COBERTURA CUTÁNEA COSTO EFECTIVA “PANEXPATCHTM” PARA EL TRATAMIENTO DE ÚLCERAS VENOSAS
Año: enero 2022 – enero 2024
Concurso: Fondef ID21I10153
Financiamiento: Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID)
Investigador Principal: Danilo Gonzalez-Nilo
Otros Investigadores:
Otras Universidades o Instituciones:
TEMPERATURE SENSING ON THE TRPM CHANNELS FAMILY: UNVEILING THE ROLE OF A FOLDING/UNFOLDING REACTION AT THE C-TERMINUS DOMAIN
Año: abril 2022 – marzo 2026
Concurso: Fondecyt Regular 1221498
Financiamiento: Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID)
Investigador Principal: Danilo Gonzalez-Nilo
Otros Investigadores:
Otras Universidades o Instituciones:
EFFICIENT PRODUCTION OF PLANT-BASED PROTEINS FROM lemna sp. (DUCKWEED) FOR HUMAN CONSUMPTION USING NANOBUBBLES
Año: octubre 2022 – septimbre 2025
Concurso: Fondef ID22I10344
Financiamiento: Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID)
Investigador Principal: Danilo Gonzalez-Nilo
Otros Investigadores:
Otras Universidades o Instituciones:
SENSORY AND ELECTRIC BRAIN STIMULATION FOR NEUROREHABILITATION: FROM MECHANISMS TO CLINICAL PRACTICE
Año: diciembre 2021 – diciembre 2024
Concurso: Anillo ACT210053
Financiamiento: Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID)
Investigador Principal: Wael El-Deredy
Otros Investigadores: Ignacio Negrón; Alejandro Weinstein
Otras Universidades o Instituciones:
A GENERATIVE MODEL OF EEG DYNAMICAL FUNCTIONAL CONNECTIVITY TO PREDICT NEURODEGENERATIVE-DISEASE PROGRESSION: BRIDGING THE GAP BETWEEN BIOPHYSICAL AND MACHINE LEARNING MODELS
Año: abril 2020 – abril 2024
Concurso: Fondecyt Regular 1201822
Financiamiento: Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICYT)
Investigador Principal: Wael El-Deredy
Otros Investigadores:
Otras Universidades o Instituciones:
NOVEL EEG TOPOGRAPHY ANALISYS USING GRAPH SIGNAL PROCESSING AND NETWORK CONTROL THEORY
Año: marzo 2023 – marzo 2027
Concurso: Fondecyt Regular 1231132
Financiamiento: Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID)
Investigador Principal: Alejandro Weinstein
Otros Investigadores: Wael El-Deredy
Otras Universidades o Instituciones:
