10.tga

Line 5: Computational biology and molecular simulation.

Researcher in this line study the processes of intercellular communication, ionic channel activation, neuronal dynamics and neural networks using a combination of modeling and experimentation, which has allowed to determine the relationship structure-function for potassium channels as well as for other channels such as pain and temperature sensors, interpreting mathematically the contribution of the TRPM8 channel to the cold sensation. In this sense, researchers in this group have contributed to the understanding of how the pore dimensions in the cell membrane determine the ionic transport in potassium channels and have also identified the adaptation process of penguins living in the Ecuador and in the South pole. In this line the techniques used are advanced mathematical and computational simulation models.

Researchers.

Danilo González / fono: (56) 2 2770 3606 / fernando.gonzalez at unab.cl
Patricio Orio / fono:(56) 32 2995538 / patricio.orio at uv.cl
Tomás Pérez-Acle / fono: (56) 2 9784603 / tomas at dlab dot cl

Associate Researchers.

Daniel Aguayo / CBIB-UNAB / daniel.aguayo at unab.cl
Jose Pérez Donoso / CBIB-UNAB

Postdoctoral Researchers.

Ignacio Díaz / DLab / FCV / fono:(56) 2 23672022 / ignacio.diaz at cinv.cl
Kesheng Xu / fono:(56) 32 2508185 / kesheng.xu at cinv.cl
Alberto J. Martin / DLab / FCV / fono:(56) 2 23672022 /ajmm at dlab.cl
Felipe Villanelo / DLab / FCV / fono:(56) 2 23672022 / felipe at dlab.cl
Germán Miño / fono: (56) 2 27703405 / german.mino.galaz at gmail.com
Hans Moldenhauer / fono:(56) 32 2508190 / hans.moldenhauer at cinv.cl
Leonel Medina / fono: (56) 2 23672022 / leonel.medina at cinv.cl

PhD Students.

Aland Astudillo / fono:(56) 32 2508185  / aland.astudillo.c at gmail.com
Alejandro Bernardin / fono:(56) 2 23672022 / abernardin at dlab.cl
Claudia Pareja / fono:(56) 2 23672022 / cpareja at dlab.cl
Gaspar Herrera / fono:(56) 32 2508047 / gaspar.herrera at cinv.cl
Melissa Alegria  / fono: (56) 2 27703405 / ibi.malegria at gmail.com
Miguel Piñeiro / fono:(56) 32 2508185 / miguel.pineiro at cinv.cl
Rodrigo Santibañez / fono:(56) 2 23672022 / rsantibanez at dlab.cl
Romina Sepúlveda / fono: (56) 2 27703405 / rosepulveda87 at gmail.com
Samy Castro / fono:(56) 32 2508185 / sammy.castro at cinv.cl
Sebastián Contreras / fono:(56) 2 23672022 / scontreras at dlab.cl
Sebastián Gutiérrez / fono:(56) 2 23672022 / sebastian at dlab.cl

  • Manzanares D, Araya-Durán I, Gallego-Yerga L, Játiva P, Márquez-Miranda V, Canan J, Jiménez Blanco JL, Mellet CO, Gonzalez-Nilo FD, García Fernández JM, Ceña V. (2017) Molecular determinants for cyclo-oligosaccharide-based nanoparticle-mediated effective siRNA transfection. Nanomedicine (Lond). 2017 Jul;12(13):1607-1621. doi: 10.2217/nnm-2017-0123.
  • Márquez-Miranda V, Araya-Durán I, Gonzalez-Nilo FD. (2017). Multiescale molecular simulations applied to nucleic acid- dendrimer interactions studies. Curr Pharm Des. 2017 Mar 5. doi: 0.2174 /13816128236661 70306093224.
  • Márquez-Miranda V, Abrigo J, Rivera JC, Araya-Durán I, Aravena J, Simon F, Pacheco N, Gonzalez-Nilo FD, Cabello-Verrugio C (2017).  The complex of PAMAM-OH dendrimer with Angiotensin (1-7) prevented the disuse-induced skeletal muscle atrophy in mice. Int J Nanomedicine. 12:1985-1999. doi: 10.2147.
  • Martin AJ, Contreras-Riquelme S, Dominguez C, Pérez-Acle T. (2017) LoTo: a graphlet based method for the comparison of local topology between gene regulatory networks. PeerJ. 5:e3052. doi: 10.7717/peerj.3052.
  • Villanelo F, Escalona Y, Pareja-Barrueto C, Garate JA, Skerrett IM, Pérez-Acle T (2017) Accessing gap-junction channel structure-function relationships through molecular modeling and simulations. BMC Cell Biol. 17;18(Suppl 1):5. doi: 10.1186/s12860-016-0121-9. PDF
  • Xu K., Maidana JP, Caviedes M, Quero D, Aguirre P and Orio P. (2017). Hyperpolarization-activated current induces period-doubling cascades and chaos in a cold thermoreceptor model. Front Comp Neurosci,11:12. doi: 10.3389/fncom.2017.00012.
  • Escalona Y, Garate JA, Araya-Secchi R, Huynh T, Zhou R, Pérez-Acle T (2016). Exploring the membrane potential of simple dual-membrane systems as models for Gapjunction channels. Biophys. J. 110(12):2678-88.
  • Castillo JP, Sánchez-Rodríguez JE, Hyde HC, Zaelzer CA, Aguayo D, Sepúlveda RV, Luk LY, Kent SB, Gonzalez-Nilo FD, Bezanilla F, Latorre R (2016) β1-subunit-induced structural rearrangements of the Ca2+- and voltageactivated K+ (BK) channel. Proc Natl Acad Sci U S A. 113(23):E3231-9
  • Moldenhauer H, Díaz-Franulic I, González-Nilo FD, Naranjo D (2016). Effective pore size and radius of capture for K+ ions in K-channels. Sci Rep. 6:19893.
  • Naranjo D, Moldenhauer H, Pincuntureo M and DíazFranulic I (2016). Pore size matters for potassium channel conductance. J Gen Physiol 148(4):277-91.

Ongoing projects.

Instituto Milenio-CINV

Año: 2016-2021
Concurso: Proyectos Institutos Milenio 2009 – ICM09-022-P
Financiamiento:  Ministerio de Economía, Fomento y Turismo de Chile
Investigador Principal: Ramón Latorre
Otros Investigadores: Juan Carlos Sáez, Alan Neely, Ana María Cárdenas, John Ewer, Kathleen Whitlock, Adrián Palacios, Tomás Pérez-Acle, David Naranjo, Fernando González-Nilo, Oliver Schmachtenberg, Agustín Martínez, Patricio Orio, Andrés Chávez, Pablo Moya, Andrea Calixto, Carlos González.
Otras Universidades o Instituciones: Centro Interdisciplinario de Neurociencia de Valparaíso, Pontificia Universidad Católica, Universidad Andrés Bello, Fundación Ciencia y Vida.

CONICYT

IS THERE A VOLTAGE-CONTROLLED HYDRAULIC GATING IN THE HUMAN CONNEXIN 26 HEMICHANNEL?

Años: marzo 2016 – marzo  2020
Concurso: Fondecyt Regular 2016 – # 1160574
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal: Tomás Pérez-Acle
Otros Investigadores: Agustín Martínez

LIGAND AND TEMPERATURE ACTIVATION IN TRPV1 CHANNELS: A THERMODYNAMICS AND MOLECULAR SIMULATIONS ANALYSIS

Año: abril 2017 – abril 2021
Concurso: Fondecyt Regular 2017 – #1170733
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal: Fernando González-Nilo,
Otros Investigadores: Carlos González
Otras Universidades o Instituciones: Universidad Andrés Bello

GATING, ARCHITECTURE AND MODULATION BY BETA AND GAMMA SUBUNITS OF THE CALCIUM AND VOLTAGE-ACTIVATED POTASSIUM (BK) CHANNEL

Año: marzo 2015 –  marzo 2019
Concurso: Fondecyt Regular 2015 – # 1150273
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal: Ramón Latorre
Otros Investigadores: Fernando González-Nilo
Otras Universidades o Instituciones: Universidad Andrés Bello

CHAOS VERSUS NOISE AS DRIVERS OF MULTISTABILITY IN NEURAL NETWORKS

Año: abril 2018 – abril 2021
Concurso: Fondecyt Regular 2018 – # 1181076
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal: Patricio Orio
Otros Investigadores:
Otras Universidades o Instituciones:

DISPOSITIVO NEUROINGENIERIL PARA MEJORAR EL CONTROL DE LA ATENCIÓN DE TRABAJADORES EN MINAS A GRAN ALTURA

Año: 2017 – 2018
Concurso: FONDEF – ID16I10322
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal: Alejandro Weinstein
Otros Investigadores: Patricio Orio
Otras Universidades o Instituciones:

MOLECULAR MECHANISMS AT THE NANOBIO INTERFASE: APPLICATIONS AND BIOHAZARD

Año: abril 2018 – abril 2022
Concurso: Fondecyt Regular 2018 – # 1180987
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal:  José Antonio Gárate
Otros Investigadores: Ulrich Volkman
Otras Universidades o Instituciones:  Pontificia Universidad Católica de Chile

PROTEIN INSERTION IN ARTIFICIAL MEMBRANES DEPOSITED FROM THE VAPOR PHASE: FROM BIOPHYSICAL FUNCTIONALITY TO NANOSENSOR APPLICATIONS

Año: abril 2018 – abril 2022
Concurso: Fondecyt Regular 2018 – # 1180939
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal:  Ulrich Volkman
Otros Investigadores: José Antonio Gárate
Otras Universidades o Instituciones: Pontificia Universidad Católica de Chile

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