10.tga

Línea 5: Biología Computacional y Simulación Molecular

Los investigadores que trabajan en la línea 5 estudian los procesos de comunicación intercelular, activación de canales iónicos, dinámica neuronal y redes neuronales mediante una combinación de modelamiento y experimentación, la cual ha podido determinar las relaciones estructura-función para canales de potasio y para otros canales como los sensores de dolor y temperatura, interpretado matemáticamente la contribución del canal TRPM8 a la sensación de frío. En este sentido, los investigadores han contribuido al entendimiento de cómo las dimensiones del poro en la membrana celular determinan el transporte iónico en canales de potasio y han identificado el proceso de adaptación de pingüinos que habitan en el ecuador y el polo sur. En cuanto a las técnicas empleadas se aplican métodos matemáticos y de simulación computacional avanzados.

Investigadores.

Danilo González / fono: (56) 2 2770 3606 / fernando.gonzalez@unab.cl
Patricio Orio / fono:(56) 32 2995538 / patricio.orio@uv.cl
Tomás Pérez-Acle / fono: (56) 2 9784603 / tomas@dlab.cl

Investigadores Asociados.

Daniel Aguayo / CBIB-UNAB / daniel.aguayo at unab.cl
Jose Pérez Donoso / CBIB-UNAB

Investigadores Postdoctorales.

Ignacio Díaz / DLab / FCV / fono:(56) 2 23672022 / ignacio.diaz at cinv.cl
Kesheng Xu / fono:(56) 32 2508185 / kesheng.xu at cinv.cl
Alberto J. Martin / DLab / FCV / fono:(56) 2 23672022 /ajmm at dlab.cl
Felipe Villanelo / DLab / FCV / fono:(56) 2 23672022 / felipe at dlab.cl
Germán Miño / fono: (56) 2 27703405 / german.mino.galaz at gmail.com
Hans Moldenhauer / fono:(56) 32 2508190 / hans.moldenhauer at cinv.cl
Leonel Medina / fono: (56) 2 23672022 / leonel.medina at cinv.cl

Alumnos y Tesistas de Doctorado.

Aland Astudillo / fono:(56) 32 2508185  / aland.astudillo.c at gmail.com
Alejandro Bernardin / fono:(56) 2 23672022 / abernardin at dlab.cl
Claudia Pareja / fono:(56) 2 23672022 / cpareja at dlab.cl
Gaspar Herrera / fono:(56) 32 2508047 / gaspar.herrera at cinv.cl
Melissa Alegria  / fono: (56) 2 27703405 / ibi.malegria at gmail.com
Miguel Piñeiro / fono:(56) 32 2508185 / miguel.pineiro at cinv.cl
Rodrigo Santibañez / fono:(56) 2 23672022 / rsantibanez at dlab.cl
Romina Sepúlveda / fono: (56) 2 27703405 / rosepulveda87 at gmail.com
Sammy Castro / fono:(56) 32 2508185 / sammy.castro at cinv.cl
Sebastián Contreras / fono:(56) 2 23672022 / scontreras at dlab.cl
Sebastián Gutiérrez / fono:(56) 2 23672022 / sebastian at dlab.cl

  • Manzanares D, Araya-Durán I, Gallego-Yerga L, Játiva P, Márquez-Miranda V, Canan J, Jiménez Blanco JL, Mellet CO, Gonzalez-Nilo FD, García Fernández JM, Ceña V. (2017) Molecular determinants for cyclo-oligosaccharide-based nanoparticle-mediated effective siRNA transfection. Nanomedicine (Lond). 2017 Jul;12(13):1607-1621. doi: 10.2217/nnm-2017-0123.
  • Márquez-Miranda V, Araya-Durán I, Gonzalez-Nilo FD. (2017). Multiescale molecular simulations applied to nucleic acid- dendrimer interactions studies. Curr Pharm Des. 2017 Mar 5. doi: 0.2174 /13816128236661 70306093224.
  • Márquez-Miranda V, Abrigo J, Rivera JC, Araya-Durán I, Aravena J, Simon F, Pacheco N, Gonzalez-Nilo FD, Cabello-Verrugio C (2017).  The complex of PAMAM-OH dendrimer with Angiotensin (1-7) prevented the disuse-induced skeletal muscle atrophy in mice. Int J Nanomedicine. 12:1985-1999. doi: 10.2147.
  • Martin AJ, Contreras-Riquelme S, Dominguez C, Pérez-Acle T. (2017) LoTo: a graphlet based method for the comparison of local topology between gene regulatory networks. PeerJ. 5:e3052. doi: 10.7717/peerj.3052.
  • Villanelo F, Escalona Y, Pareja-Barrueto C, Garate JA, Skerrett IM, Pérez-Acle T (2017) Accessing gap-junction channel structure-function relationships through molecular modeling and simulations. BMC Cell Biol. 17;18(Suppl 1):5. doi: 10.1186/s12860-016-0121-9. PDF
  • Xu K., Maidana JP, Caviedes M, Quero D, Aguirre P and Orio P. (2017). Hyperpolarization-activated current induces period-doubling cascades and chaos in a cold thermoreceptor model. Front Comp Neurosci,11:12. doi: 10.3389/fncom.2017.00012.
  • Escalona Y, Garate JA, Araya-Secchi R, Huynh T, Zhou R, Pérez-Acle T (2016). Exploring the membrane potential of simple dual-membrane systems as models for Gapjunction channels. Biophys. J. 110(12):2678-88.
  • Castillo JP, Sánchez-Rodríguez JE, Hyde HC, Zaelzer CA, Aguayo D, Sepúlveda RV, Luk LY, Kent SB, Gonzalez-Nilo FD, Bezanilla F, Latorre R (2016) β1-subunit-induced structural rearrangements of the Ca2+- and voltageactivated K+ (BK) channel. Proc Natl Acad Sci U S A. 113(23):E3231-9
  • Moldenhauer H, Díaz-Franulic I, González-Nilo FD, Naranjo D (2016). Effective pore size and radius of capture for K+ ions in K-channels. Sci Rep. 6:19893.
  • Naranjo D, Moldenhauer H, Pincuntureo M and DíazFranulic I (2016). Pore size matters for potassium channel conductance. J Gen Physiol 148(4):277-91.

Proyectos Vigentes.

Instituto Milenio-CINV

Año: 2016-2021
Concurso: Proyectos Institutos Milenio 2009 – ICM09-022-P
Financiamiento:  Ministerio de Economía, Fomento y Turismo de Chile
Investigador Principal: Ramón Latorre
Otros Investigadores: Juan Carlos Sáez, Alan Neely, Ana María Cárdenas, John Ewer, Kathleen Whitlock, Adrián Palacios, Tomás Pérez-Acle, David Naranjo, Fernando González-Nilo, Oliver Schmachtenberg, Agustín Martínez, Patricio Orio, Andrés Chávez, Pablo Moya, Andrea Calixto, Carlos González.
Otras Universidades o Instituciones: Centro Interdisciplinario de Neurociencia de Valparaíso, Pontificia Universidad Católica, Universidad Andrés Bello, Fundación Ciencia y Vida.

CONICYT

IS THERE A VOLTAGE-CONTROLLED HYDRAULIC GATING IN THE HUMAN CONNEXIN 26 HEMICHANNEL?

Años: marzo 2016 – marzo  2020
Concurso: Fondecyt Regular 2016 – # 1160574
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal: Tomás Pérez-Acle
Otros Investigadores: Agustín Martínez

LIGAND AND TEMPERATURE ACTIVATION IN TRPV1 CHANNELS: A THERMODYNAMICS AND MOLECULAR SIMULATIONS ANALYSIS

Año: abril 2017 – abril 2021
Concurso: Fondecyt Regular 2017 – #1170733
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal: Fernando González-Nilo,
Otros Investigadores: Carlos González
Otras Universidades o Instituciones: Universidad Andrés Bello

GATING, ARCHITECTURE AND MODULATION BY BETA AND GAMMA SUBUNITS OF THE CALCIUM AND VOLTAGE-ACTIVATED POTASSIUM (BK) CHANNEL

Año: marzo 2015 –  marzo 2019
Concurso: Fondecyt Regular 2015 – # 1150273
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal: Ramón Latorre
Otros Investigadores: Fernando González-Nilo
Otras Universidades o Instituciones: Universidad Andrés Bello

CHAOS VERSUS NOISE AS DRIVERS OF MULTISTABILITY IN NEURAL NETWORKS

Año: abril 2018 – abril 2021
Concurso: Fondecyt Regular 2018 – # 1181076
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal: Patricio Orio
Otros Investigadores:
Otras Universidades o Instituciones:

DISPOSITIVO NEUROINGENIERIL PARA MEJORAR EL CONTROL DE LA ATENCIÓN DE TRABAJADORES EN MINAS A GRAN ALTURA

Año: 2017 – 2018
Concurso: FONDEF – ID16I10322
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal: Alejandro Weinstein
Otros Investigadores: Patricio Orio
Otras Universidades o Instituciones:

MOLECULAR MECHANISMS AT THE NANOBIO INTERFASE: APPLICATIONS AND BIOHAZARD

Año: abril 2018 – abril 2022
Concurso: Fondecyt Regular 2018 – # 1180987
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal:  José Antonio Gárate
Otros Investigadores: Ulrich Volkman
Otras Universidades o Instituciones:  Pontificia Universidad Católica de Chile

PROTEIN INSERTION IN ARTIFICIAL MEMBRANES DEPOSITED FROM THE VAPOR PHASE: FROM BIOPHYSICAL FUNCTIONALITY TO NANOSENSOR APPLICATIONS

Año: abril 2018 – abril 2022
Concurso: Fondecyt Regular 2018 – # 1180939
Financiamiento: Conicyt
Investigador Principal:  Ulrich Volkman
Otros Investigadores: José Antonio Gárate
Otras Universidades o Instituciones: Pontificia Universidad Católica de Chile

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